Franz Danksagmüller studierte Orgel, Komposition und Kirchenmusik an der Hochschule für Musik und darstellende Kunst in Wien bei Michael Radulescu, Dietmar Schermann und Erich Urbanner, weiters elektronische Musik bei Karlheinz Essl am Studio for Advanced Music & Media Technology der Anton Bruckner Privatuniversität in Linz. 1994 erhielt er den Würdigungspreis des Bundesministeriums für Wissenschaft und Forschung. Er ist außerdem Preisträger mehrerer internationaler Wettbewerbe. 1995 bis 2003 unterrichtete Franz Danksagmüller an der Universität für Musik und darstellende Kunst in Wien und war von 1999 bis 2005 Domorganist in St. Pölten. Seit Oktober 2005 ist er Professor für Orgel und Improvisation an der Musikhochschule in Lübeck. Franz Danksagmüllers Kompositionen umfassen Kammermusik, Musik für Orgel, Chor und Elektronik sowie Film- und Theatermusik.
Analog zu den verschiedenen Maschinen und zur Mensch-Maschine im Film verwendet Franz Danksagmüller für die Metropolis-Begleitung eine "Klangmaschine", mit der er Klänge erzeugen, modulieren und mischen kann – eine "Sampling-Groovebox". Die Klänge entstehen aus dem Film heraus – der Soundtrack ist eine Kombination aus Sound Design und Musik.
Franz Danksagmüller begleitet METROPOLIS (DE 1927/2010).